Началото на висшето образование по фармация в България е през 1942г., когато се взема решение за откриване на Фармацевтичен отдел към Физико-математическия факултет на Софийския университет. През учебната 1942/1943г се основават катедрите по фармакогнозия с галенична фармация и фармацевтична химия. От 1947г се поставя началото и на трета катедра. Галеничната фармация се отделя от фармакогнозията и се формира катедрата по технология на лекарствените форми и галенови препарати. Постепенно се оформя идеята, че подготовката на студентите по фармация ще бъде по-целенасочена, ако се извършва в близко сътрудничество с катедрите на Медицинския факултет, които обучават студентите фармацевти по различни дисциплини като биохимия, фармакология, микробиология, анатомия и физиология. Счита се още, че основните профилни катедри на Фармацевтичния факултет – фармацевтична химия, фармакогнозия и технология на лекарствените форми също ще просперират  в сътрудничество с катедрите на Медицинския факултет.  И така с Указ 676/30.06.1950г Президиумът на Народното събрание постановява Фармацевтичният отдел към Физико-математическия факултет на Софийския университет да се обособи като самостоятелен факултет на създадената през същата година Медицинска академия.

През първата учебна 1951/52 година за Фармацевтичния факултет той има един професор, двама доценти, десет асистенти и трима лаборанти. За пръв декан е назначен проф. Димитър Далев, а за зам. декан -  проф. Петър Николов.
Катедри и четения – история и настояще

През следващите години структурата на факултета се променя, като се разкриват нови четения и нови катедри:

•     1958г се въвежда учебната дисциплина фармацевтична ботаника към катедрата по фармакогнозия
•     1959г се обособява катедрата по Неорганична и аналитична химия
•     1962г същата катедра се разширява с преподаване по физикохимия, а през 1970г и по математика
•     1972г се разкрива катедрата по Организация и икономика на аптечното дело
•     1973г се създава катедрата по Фармакология и токсикология
•     1982г се обособяват като самостоятелни катедрите Фармацевтична и Органична химия
•     1990г се създава катедрата по Промишлена фармация

    Сега  факултетът включва 7 катедри. Това са катедрите по:

•     Химия – с четения по неорганична, аналитична химия и физикохимия
•     Органична химия
•     Фармацевтична химия – с четения и по фармацевтичен анализ и броматология
•     Фармакогнозия – с четене и по фармацевтична ботаника
•     Технология на лекарствените форми с биофармация
•     Фармакология и токсикология – с четене и по фармакотерапия

    Организация и икономика на фармацията - с четения и по организация и икономика на фармацевтичното производство, фармакоикономика, фармацевтични грижи, история на фармацията, медицински изделия.

Към тази структура трябва да се добавят и принадлежащите към някои катедри допълнителни звена като научни и производствени лаборатории. Към катедрата по фармакогнозия през 1968г се обособява лаборатория за контрол и стандартизация на растителните дроги,  а по-късно и лаборатория по биотехнология. През 1981г се разкриват и няколко научно-производствени лаборатории, които по-късно заедно с малкия фармацевтичен завод към МА, влизат в състава на НПСК по Фармация. От първите години на създаването към Факултета функционират деканат, библиотека, а по-късно административно-стопански и финансови отдели, които с течение на годините постоянно се разрастват.

Първата база, върху която се разгръща открития факултет е сградата на ул. „Екзарх Йосиф” N15. С изключение на катедрата по фармацевтична химия, всички останали се помещават в нея.

През 1966г факултетът получава нова база, след надстройка  на сградата на ул „Дунав” N2, където се преместват всички катедри и помощни звена с изключение на катедрата по неорганична и аналитична химия и принадлежащите й четения по физикохимия и математика, а също и отдела по ботаника към катедрата по фармакогнозия и ботаника.

Окончателното събиране на всички катедри в сградата на ул. Дунав 2 се реализира едва през 1992-93г. Този акт има важно значение за историята на факултета, тъй като бяха премахнати редица неудобства и трудности, които пречеха на преподавателите и студентите във воденето на нормален учебен процес. Огромните финансови средства, заделяни за ремонти на старата сграда се пренасочиха към реконструкция и модернизиране на учебни и научни лаборатории, семинарни зали, аудитории, библиотека, приземни и тавански помещения в сградата на ул. Дунав 2. Тази сграда днес е символ на Фармацевтичния факултет. Като бази за обучение на студентите винаги са ползвани и някои катедри на медицинския факултет, респ. МА, ВМИ, ПУЦ, МУ и др

Административна структура на факултета – история и настояще

    От създаването си факултета, заедно със софийския медицински и стоматологичен факултет преминават през различни административни структури.

•     От 1951 до 1956г факултетът е под юрисдикцията на Медицинска академия “Вълко Червенков”
•     От 1956г до 1972г е в структурата на ВМИ – София
•     От 1972 до 1986г е в структурата на ВМИ – София към МА
•     От 1986 до 1991г е в структурата на Научния институт по фармация и фармакология с фармацевтичен факултет към МА
•     От 1991 до 1994г отново е в структурата на ВМИ – София  
•     От 1995г продължава в МУ – София

Всеки етап, свързан с базата, структурата и администрацията дава своя отпечатък върху основните функции на факултета. Това преди всичко са учебната и научната дейност.