През 1885 година в село Брегово започва мащабен строеж на нова училищна сграда. Осъществяването на замисъла отнема около тринадесет години поради редица финансови и материални проблеми.

Работата на строежа напредва бавно и осъществяването на проекта за ново училище завършва окончателно след 1895 година, когато се осъществила основната част от строежа. Резултатът на усилията е налице през 1898 година, когато училището е завършено и официално открито. 

То представлява голяма двуетажна сграда с големи прозорци и внушителен вход, с осемнадесет просторни помещения, в който се посещават класните стаи, персонала и администрацията на училището.

Първата летописна книга сочи, че училището според Закона за народното просвещение от 1891 година е утвърдено като Основно народно училище. Учителите в новото училище са предимно от други краища на България и от околните селища. Поради различни причини – финансови или лични, учителите често напускали или били уволнявани, което води до честата им смяна.

В годините от края на деветнадесети век изключително много се държи на семейното положение, поведението и морала на учителя, който трябва да бъде пример за учениците във всяко едно отношение. 

В класовете се поддържа строга дисциплина, учителят имал право да наказва сериозните провинения дори физически – бой с пръчка, коленичене върху царевични зърна с гръб към класната стая в някой от ъглите й. Тези наказания се запазили в този си вид дори през тридесетте години на нашия век, при постоянно лошо поведение учениците незабавно се изключват от училище.

Развитието на училище Св. Климент Охридски в село Брегово непрекъснато зависи от нечия благосклонност, материалните и финансови проблеми са негови постоянни спътници. Неведнъж в запазените архиви е отбелязвано неговото лошо състояние, липсата на елементарна хигиена. 

Усилията на училищното настоятелство да внесе известни подобрения срещат мълчаливия отпор на местните управници. Всичко това води до честото затваряне на училището поради нямане на дърва или поради избухването на поредната епидемия от дифтерит, скарлатина, вариола и др.

Идеята за построяването на практика се оказала нескончаем низ от проблеми по поддръжката му и разгръщането на пълноценен учебен процес. Летописните книги съдържат сведения и за по – важните мероприятия извършвани в училището. 

Учителското тяло сформира театрална трупа, а приходите от изнасяните представления отиват в помощ на бедните студенти и ученици или се закупват необходимите учебници и помагала.
През 1914 година училището е обявено от Министерството на народното просвещение за Народна смесена прогимназия.

Неговото материално и финансово състояние става непроменено, като към това се прибави и бариерата, която местното население несъзнателно издига пред училищното развитие.

Поради тежките условия за живот, родителите използват децата като работна ръка на полето, земеделието, животновъдството са основен поминък за населението и те не се вписват в сроковете на учебната година, за това тя винаги започва през октомври и дори ноември месец.

В летописната книга от 1916 година главния учител отбелязва:
пречките, които училището е срещало при организирането на обучението съгласно закона са:

Липса на помещения
Неясна представа на родителите за значението на училището
Употребяване на децата за кърска работа
Незаинтересованост на родителите към просветата
Нехигиеничността на училището.